Selain Keraton Pajang, Kerajaan Pajang juga meninggalkan peninggalan berupa makam-makam para raja dan tokoh penting lainnya. Makam-makam ini sering dijadikan tempat ziarah dan menjadi bagian penting dari warisan budaya Jawa.
Di bidang seni dan budaya, Kerajaan Pajang juga memiliki pengaruh yang signifikan. Seni ukir kayu Jepara, misalnya, berkembang pesat pada masa kejayaan Pajang. Seni ukir kayu ini digunakan untuk menghiasi bangunan-bangunan istana dan menjadi warisan seni yang berharga.
Peninggalan lain yang penting adalah bahasa dan tradisi Jawa. Kerajaan Pajang berperan dalam memperkaya bahasa Jawa dengan kosakata dan frasa baru. Tradisi dan adat istiadat Jawa juga berkembang pesat pada masa ini dan masih dijunjung tinggi hingga sekarang.